1. 주주총회의 승인을 받기 전인 경우
합병절차는 합병계약 체결에서 시작되는데, 합병계약을 체결하는 권한은 합병당사회사의 대표이사에게 있고, 이 계약에 의하여 합병조건, 합병방식 등 합병에 관한 구체적인 사항이 결정된다. 특히 주식회사의 경우에는 일정한 법정사항을 기재한 합병“계약서”를 작성하여야 하는 요식행위이다. 이후 당사회사는 합병계약에 따라 합병절차를 진행시켜야 할 의무를 부담하게 된다.
그런데 이렇게 당사회사의 대표이사간에 체결된 합병계약의 경우에는 언제든지 대표이사간에 합의로 수정이 가능하다. 다만, 합병승인을 위한 주주총회 소집통지 또는 공고에는 합병의 조건 등 “합병의 요령”을 기재하여야 하고, 주주총회 2주간 전부터 본점에 비치하여 공시하여야 하므로 이렇게 통지된 합병조건을 변경하려면 변경된 사항을 주주들이 숙지할 수 있도록 주총소집 통지서(수정된 내용을 기재한)를 재차 발송하여야 한다.

2. 주주총회의 승인을 받은 후인 경우
대표이사간에 체결된 합병계약은 당사회사의 주주총회의 특별결의에 의하여 승인을 받아야 한다(상법 제522조). 합병계약이 주주총회에서 부결된 경우에는 합병계약의 효력이 발생하지 않는다. 만약 계약내용을 변경하여 결의한 경우에는 그 변경된 내용대로 합병계약의 효력이 발생한다. 이 경우 당사회사의 대표이사는 변경된 대로 다시 계약서를 작성하여야 할 것이다.
그런데 이렇게 합병당사회사의 주주총회의 승인결의을 받은 합병계약을 변경하는 것이 가능한가? 실무에서는 합병계약서에 법정기재 사항외에 임의적 기재사항으로 합병조건의 변경, 합병계약의 해제 등을 기재하는 것이 상례이다. 따라서 당초의 합병계약서에 정해진 바에 따라 합병기일 등 합병조건을 변경하는 것은 원래의 합병계약서에서 예정한 것이므로 가능하다고 본다. 다만, 당초의 합병계약의 본질적인 내용을 변경하는 것은 허용되지 않을 것이다. 예컨대 존속법인을 “갑”에서 “을”로 변경하거나 합병비율을 현저하게 증감하는 경우이다. 이 경우에는 별도의 주주총회의 승인결의가 필요하다고 본다.