법인전환 양도소득세 이월과세시 사업에 사용 여부

개인사업자를 법인전환하고 사업장으로 사용중인 부동산에 대해 양도세를 이월과세 신청한 후, 이월과세 신청한 해당 부동산을 사업에 직접 사용하지 않고 3년 6개월 동안 공실로 둔 경우 조특법 시행령 29조의 6항 '사업에 사용하지 않는 경우'에 해당되는 것으로 볼 수 있을까? 그리하여 추징사유에 해당할까?

사례
2014. 5월: 법인전환시 사업장으로 사용중인 부동산에 대해 이월과세신청
2015. 1월: 사업장이전(기존사업장은 공실로 둠)
2017. 11월: 이월과세 신청한 사업장을 임대함

결론적으로 '사업에 사용하지 않는 경우'에 해당하지 않으므로 추징하지 않는다. 조특법 제31조 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등에서는 사업의 동일성을 요건으로 하는 반면에 조특법 제32조 법인전환 과세특례에서는 사업의 동일성을 요건으로 하지 않는다.

이러한 사업의 동일성 요건의 차이는 다음과 같이 사례에서 달리 적용된다. 임대업에 사용하던 토지를 조특법 제31조의 통합 후 통합법인이 직접 사용하는 경우에는 사업의 동일성이 유지되지 않는 것으로 보아 추징사유에 해당한다.(재재산－233, 2015.3.17.)

반면에 거주자가 부동산임대업에 사용하던 부동산을 갑법인에 현물출자하고 조특법 제32조의 법인전환 이월과세를 적용받았으나, 해당 부동산에서 폐자원재생업을 영위하는 을법인이 갑법인을 적격흡수합병하고 해당 부동산을 자가 사용하는 경우에는 사업의 폐지에 해당하지 않음.(서면법령재산－3439, 2017.3.30.)

위 사례는 2014년 5월에 법인전환한 후 종전과 동일한 사업의 사업장으로 사용하였으나, 이후 임대업으로 업종을 변경한 경우에도 사업을 폐지한 경우에 해당하지 않음. 왜냐하면, 전환법인이 거주자로부터 승계받은 종전의 업종에 새로운 업종을 추가하거나 새로운 업종으로 변경하는 것은 사업을 폐지하는 경우에 해당하지 않기 때문이다.(서면법규－1265, 2014.12.2.)