대도시안에서의 법인의 설립, 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 및 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기에 대하여는 등록세를 3배 중과세하고 있다. 그런데 위와같은 등록세에는 법인등기(상업등기)에 따른 등록세가 있고, 위와같은 법인이 취득하는 부동산에 대한 등록세가 있다. 지방세법은 양자 모두를 중과세하고 있다.

1. 설립·설치·전입에 따른 부동산등기
대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소, 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여는 그 등록세를 중과세한다(지방세법 제138조 ①항 3호). 여기서 설립·설치·전입에 따른 부동산등기란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다.) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다.)를 말한다.
즉, 설립·설치·전입을 위하여 취득등기하는 부동산등기를 말하는데, 달리 말하면 부동산 취득등기를 먼저하고 그 이후에 법인설립·지점설치·대도시내로의 전입을 하는 경우를 말한다. 한편, 설립·설치·전입에 따른 부동산등기란 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하는바(지방세법시행령 제102조 ②항), 지방세 부과제척기간이 5년이므로 그 취득시점이 5년 이전이라면 이에 대하여는 중과세할 수 없다.

2. 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
대도시내에서의 법인의 설립, 지점의 설치, 대도시내로의 전입 이후의 부동산등기에 대하여도 등록세가 3배 중과세된다. 여기서 "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 여기서 5년의 기산일은 법인설립의 경우 그 설립등기일이며, 지점설치일은 부가가치세법상 사업자등록과 인적.물적설비를 모두 갖춘 날을 말한다.
한편, 본점전입일의 경우 행자부의 해석은 이전등기일자에 불구하고, 실제로 이전하여 업무를 개시한 날짜를 의미한다고 보고 있다. 한편, 5년기간 만료일의 경우에는 당해 부동산의 취득일을 기준으로 할 것인지, 아니면 등기일을 기준으로 할 것인지가 문제된다. 만약 등기일이라고 하면, 그 취득일(잔금일)이 5년 이내인 경우에도 그 등기신청을 5년이 경과한 후 하면 중과세할 수 없다는 결론이 가능하다. 이에 대하여는 등록세는 등기.등록일에 납세의무가 발생하므로 등기신청일 현재 5년이 경과한 경우라면 이에 대하여는 중과세할 수 없다는 것이 행자부 유권해석이다.