개인사업자를 법인으로 전환하는 방식은 "현물출자"방식과 "포괄영업양수도"방식의 2가지가 있음은 앞서 설명하였다. 여기서는 개인사업자가 개인영업을 포괄적으로 법인에 양도함으로써 법인으로 전환하는 경우인데, 이 경우에도 아래와 같이 세금감면에 관한 특례가 있다. 이 때에는 먼저 법인을 설립한 후 당해 신설법인에게 기존 개인사업의 영업을 포괄적으로 양도하는 방식으로 법인전환하게 된다.

1. 개인사업의 포괄양수도에 의한 법인전환
거주자가 대통령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우 그 법인전환으로 인하여 취득하는 사업용 재산에 대한 등록세, 취득세를 면제한다(조특법 제119조, 120조). 여기서 대통령이 정하는 사업양수도방법이란 법인설립일로부터 소급하여 1년 이상 당해사업을 영위하던 자가 발기인으로서 개인사업장의 순자산가액을 출자하여 법인을 설립하고, 법인설립일로부터 3월 이내에 당해 신설법인에게 개인사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다(조특법시행령 제29조).
여기서 "순자산가액으로 출자"한다는 것은 법인설립일 현재의 시가로 평가한 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액으로 출자함을 뜻하며, "1년 이상 당해사업을 영위한 경우"란 상속의 경우에는 피상속인이 사용한 기간도 포함하여 계산한다. 한편, 사업양수도방식에 의한 법인전환의 경우에도 소비성서비스업은 제외되므로 소비성서비스업을 영위하는 개인기업이 법인전환하는 경우에는 적용이 없다.

2. 감면세금을 추징하는 경우
취득일(등록세는 등기일)로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대 포함)하는 경우에는 면제한 등록세 및 취득세를 추징한다(조특법 119조, 120조). 여기서 정당한 사유란 다음의 경우를 말한다.
① 당해 사업용재산이 토지수용법 그밖의 법률에 의하여 수용된 경우
② 법령의 규정에 의하여 폐업.이전명령 등에 의하여 당해 사업을 폐업하거나 당해 사업용재산을 처분하는 경우