1. 채무초과인 회사를 자회사로 하는 주식교환의 경우
주식교환의 날의 대차대조표상 채무초과상태에 있는 회사를 완전자회사로 하는 주식교환은 허용되지 않는다. 주식교환에 의하여 자회사의 주주들에 대한 신주발행의 액면총액(자본금증가액)은 주식교환의 날에 완전자회사에 현존하는 순자산액(자산총계-부채총계)에서 ① 완전자회사의 주주들에게 지급하는 금액(교부금), ② 완전자회사의 주주에게 자기주식(완전모회사의)을 교부하는 경우 그 가액의 합산액을 공제한 금액을 초과할 수 없는데, 이미 완전자회사가 채무초과로 순자산액이 마이너스(-)라면 주식교환을 위한 신주발행(자본금증가)이 불가능하기 때문이다. 이 경우에도 만약 채무초과인 완전자회사의 주주들에게 신주를 발행하여 주식교환을 한다면 결과적으로 액면미달발행이 되어 자본충실의 원칙에 위배되게 된다.

2. 기존 모회사를 완전자회사로 하는 주식교환의 경우
기존 모회사를 완전자회사로 하고, 기존 자회사는 주식교환 결과 완전모회사가 되는 주식교환은 금지되지는 않는다. 다만, 완전자회사(기존 모회사)가 가지고 있는 완전모회사(기존 자회사)의 주식은 주식교환의 날로부터 6월 이내에 처분하여야 한다. 상법은 상호출자를 통한 자본공동화를 막기 위하여 자회사가 모회사의 주식을 취득하는 것을 금지하는데, 주식교환의 결과로 자회사가 모회사의 주식을 취득하게 되는 것을 일단은 허용하되, 일정한 기간안에 처분하도록 하고 있다. 예를들면, 모회사인 버디버디(주)가 있고, 그 자회사인 버디시스템즈(주)가 있다고 할 때, 주식교환으로 버디시스템즈(주)가 완전모회사가 되는 경우, 완전자회사인 버디버디(주)는 기존에 보유하던 버디시스템즈(주)의 주식을 주식교환의 날로부터 6월 이내에 처분하여야 한다.

3. 완전자회사가 전환(신주)사채 등을 발행한 경우
주식교환에 의하여 완전자회사가 되는 회사가 전환사채 또는 신주인수권부사채를 발행한 경우에 이를 상환하지 않았다 하여 주식교환이 금지되는 것은 아니다. 다만, 주식교환으로 완전모회사가 완전자회사의 주식 전부를 소유하게 되었는데, 이후 완전자회사에 대하여 전환권을 행사하거나, 신주인수권을 행사한 경우 완전자회사가 되지 못하는 문제점이 있다. 이것은 완전자회사가 임직원에게 주식매수선택권을 부여한 경우에도 마찬가지다. 따라서 이런 경우에 대비하여 주식교환시 완전자회사가 될 회사는 전환사채를 상환하거나 전환권을 미리 행사하게 할 필요가 있으며, 신주인수권부사채의 신주인수권을 미리 행사하거나 그 증권을 취득하여 소각할 필요가 있다. 주식매수선택권에 대하여는 선택권자와의 계약을 통하여 선택권행사로 취득하는 그 주식을 완전모회사에 양도하는 특약이 필요할 것이다.